Heckman sinh ra tại Chicago, Illinois, cha mẹ ông là John Jacob Heckman và Bernice Irene Medley.[2] Heckman nhận bằng cử nhân toán học tại Đại học Colorado, và bằng tiến sĩ tại Đại học Princeton về kinh tế năm 1971. Sau đó ông là phó giáo sư tại Đại học Columbia trước khi chuyển tới Đại học Chicago năm 1973. Ngoài vị trí giáo sư kinh tế xuất sắc mang tên Henry B. Schultz ông cũng là giám đốc Trung tâm nghiên cứu kinh tế và Trung tâm đánh giá chương trình xã hội tại Trường chính sách công mang tên Irving B. Harris. Năm 2004, ông được bổ nhiệm làm Chủ tịch xuất sắc về kinh tế lượng vi mô tại Đại học London. Tháng 6 năm 2006, ông được bổ nhiệm làm giáo sư khoa học và xã hội tại Đại học College Dublin.[3] Heckman cũng là thành viên nghiên cứu cao cấp tại American Bar Foundation.

Heckman kết hôn với nhà xã hội học Lynne Pettler-Heckman, hai vợ chồng ông có hai người con; con trai là Jonathan (sinh năm 1982) là một nhà vật lý và con gái Alma (sinh năm 1986), một học giả Fulbright.[2][4]

Con trai của ông là Jonathan Heckman, đã kết hôn với Darlyn Pirakitikulr năm 2009.[5]